Novostavba budovy Nádraží Praha-Bubny je součástí probíhající modernizace trati Praha – Letiště – Kladno. První etapa stavby zahrnuje úsek od Negrelliho viaduktu k Nádraží Praha-Bubny a dále přes železniční estakádu do nové zastávky Praha-Výstaviště.
Diskusi o úpravě již připraveného návrhu vyvolala nová urbanistická studie celého přilehlého rozvojového území Bubny – Zátory od Thomas Müller Ivan Reimann Architekten a Pelčák a partner architekti, která v oblasti stanice metra Vltavská definuje nové významné městské prostory. Jedná se zejména o budovu Vltavské filharmonie, nové náměstí podél celé východní hrany budoucího nádraží nebo památník Ticha v severní části území. Nové nádraží se spolu s filharmonií stanou přirozeným centrem nově vznikající čtvrti, která propojí dolní Holešovice s Letnou.
V první etapě je střecha nádraží nad jižním vestibulem navržena jako vyhlídková terasa, ze které bude možné pozorovat nejen centrum města, ale i nově vznikající čtvrť.
